Лаборатория биомедицинской и фармацевтической масс-спектрометрии

Заведующий лабораторией

Егоров Владимир Валерьевич,
доктор биологических наук

Краткая история создания лаборатории

Лаборатория образована в конце 2011 г. по предложению академика Г.А.Софронова и решению
Ученого совета ИЭМ. Создание лаборатории диктовалась необходимостью повышения уровня
научных исследований, проводимых в ИЭМ. Лаборатория оснащена тремя масс-спектрометрами
– BRUKER UltrafleXtreme (MALDI TOF), BRUKER MaXis 4G (ESI TOF) и BactoSCREEN (MALDI microTOF).

Основные направления исследований

  • Идентификация микроорганизмов методом масс-спектрометрии
    изучения микробиома человека и биоразнообразия;
  • Идентификация природных белков в рамках изучения молекулярных механизмов
    патогенеза социально значимых заболеваний;
  • Контроль качества рекомбинантных и природных белков, полученных для
    использования в качестве диагностических и профилактических средств;
  • Изучение протеома бактерий для определения механизма действия антибиотиков;
  • Контроль качества химически синтезированных пептидов;
  • Исследования в области интерактомики и структурной биологии.

Основные научные результаты за последние 5 лет

  • Найден ряд новых белковых факторов, отвечающих за формирование матрикса у Bacillus;
  • Определён структурный домен белка NS1 вируса гриппа, отвечающий за его
    прионоподобную олигомеризацию;
  • Определена молекулярная мишень потенциального антибиотика, действующего на ряд
    патогенных штаммов микроорганизмов;
  • Проведена идентификация более 20000 штаммов бактерий в рамках исследований
    микробиома человека и животных, биоразнообразия;
  • Разработаны протоколы исследования рекомбинантных белков и проект паспорта
    рекомбинантного белка.

imgp8232

Сотрудники лаборатории:
Иванова Надежда Сергеевна, инженер

imgp8266

 

 

 

 

 

 

 

Масс-спектрометрия высокого разрешения с электрораспылением, обработка результатов масс-спектрометрического анализа.

Наиболее значимые публикации и разработки за последние 5 лет:

  • Ivanova LA, Egorov VV, Zabrodskaya YA, Shaldzhyan AA, Baranchikov AY,
    Tsvigun NV, Lykholay AN, Yapryntsev AD, Lebedev DV, Kulminskaya AA. Matrix
    is everywhere: extracellular DNA is a link between biofilm and mineralization in
    Bacillus cereus planktonic lifestyle. NPJ Biofilms Microbiomes. 2023 Feb 28;9(1):9.
    doi: 10.1038/s41522-023-00377-5. PMID: 36854956; PMCID: PMC9975174.
  • Egorov V.V., Shvetsov A.V., Pichkur E.B., Shaldzhyan A.A., Zabrodskaya Y.A.,
    Vinogradova D.S., Nekrasov P.A., Gorshkov A.N., Garmay Y.P., Kovaleva A.A.,
    Stepanova L.A., Tsybalova L.M., Shtam T.A., Myasnikov A.G., Konevega A.L. Inside
    and outside of virus-like particles HBc and HBc/4M2e: A comprehensive study of the
    structure // Biophysical Chemistry. – 2023 – V. 293 – P. 106943
  • Zabrodskaya Y.A., Egorov V.V., Sokolov A.V., Shvetsov A.V., Gorshkova Y.E.,
    Ivankov O.I., Kostevich V.A., Gorbunov N.P., Ramsay E.S., Fedorova N.D.,
    Bondarenko A.B., Vasilyev V.B. Caught red handed: modeling and confirmation of
    the myeloperoxidase ceruloplasmin alpha-thrombin complex // Biometals. – 2022 –
    V. 35 – № 6 – P. 1157-1168.
  • Shaldzhyan A.A., Zabrodskaya Y.A., Baranovskaya I.L., Sergeeva M.V., Gorshkov
    A.N., Savin I.I., Shishlyannikov S.M., Ramsay E.S., Protasov A.V., Kukhareva A.P.,

    Egorov V.V. Old dog, new tricks: Influenza a virus NS1 and in vitro fibrillogenesis //
    Biochimie. – 2021 – V. 190 – P. 50-56.
  • Antimonova O.I., Grudinina N.A., Ilyin V.V., Polukeev V.A., Shavlovsky M.M.,
    Zabrodskaya Y.A., Shabalin K.A., Yakimov A.P., Ramsay E.S., Protasov A.V.,
    Egorov V.V. Time machine: Can a dye from 1928 be re-purposed for modern,
    fluorescence-based detection of amyloid-like fibrils? // Dyes and Pigments. – 2020 –
    V. 172 – P. 107863
  • Antimonova O.I., Lebedev D.V., Zabrodskaya Y.A., Grudinina N.A., Timkovsky
    A.L., Ramsay E., Shavlovsky M.M., Egorov V.V. Changing times: fluorescence-
    lifetime analysis of amyloidogenic sf-iapp fusion protein // Journal of Structural
    Biology. – 2019 – V. 205 – № 1 – P. 78-83.

Сотрудники лаборатории

Бердичевский Григорий Михайлович

Ведущий научный сотрудник

Сфера научных интересов: Обеспечения медицинской клинической лабораторной диагностики платформой для высокоточных измерений на базе метода хромато-масс-спектрометрии с изотопным разбавлением, массовый и селективный скрининг наследственных болезней обмена, разработка и внедрение новых методик анализа различных метаболитов человека на базе методов хроматографии и хромато-масс-спектрометрии

Иванова Надежда Сергеевна

Инженер

Сфера научных интересов: Фолдинг белка, биотехнологии, факторы патогенности микроорганизмов, моделирование молекулярной динамики в GROMACS, атомно-силовая микроскопия, масс-спектрометрическое типирование бактерий.