Краткая история создания лаборатории

Основные направления исследований

• Идентификация микроорганизмов методом масс-спектрометрии
  изучения микробиома человека и биоразнообразия;
• Идентификация природных белков в рамках изучения молекулярных механизмов
  патогенеза социально значимых заболеваний;
• Контроль качества рекомбинантных и природных белков, полученных для
  использования в качестве диагностических и профилактических средств;
• Изучение протеома бактерий для определения механизма действия антибиотиков;
• Контроль качества химически синтезированных пептидов;
• Исследования в области интерактомики и структурной биологии.

Основные научные результаты за последние 5 лет

• Найден ряд новых белковых факторов, отвечающих за формирование матрикса у Bacillus;
• Определён структурный домен белка NS1 вируса гриппа, отвечающий за его
  прионоподобную олигомеризацию;
• Определена молекулярная мишень потенциального антибиотика, действующего на ряд
  патогенных штаммов микроорганизмов;
• Проведена идентификация более 20000 штаммов бактерий в рамках исследований
  микробиома человека и животных, биоразнообразия;
• Разработаны протоколы исследования рекомбинантных белков и проект паспорта
  рекомбинантного белка.

Наиболее значимые публикации и разработки за последние 5 лет:

• Ivanova LA, Egorov VV, Zabrodskaya YA, Shaldzhyan AA, Baranchikov AY,
  Tsvigun NV, Lykholay AN, Yapryntsev AD, Lebedev DV, Kulminskaya AA. Matrix
  is everywhere: extracellular DNA is a link between biofilm and mineralization in
  Bacillus cereus planktonic lifestyle. NPJ Biofilms Microbiomes. 2023 Feb 28;9(1):9.
  doi: 10.1038/s41522-023-00377-5. PMID: 36854956; PMCID: PMC9975174.
• Egorov V.V., Shvetsov A.V., Pichkur E.B., Shaldzhyan A.A., Zabrodskaya Y.A.,
  Vinogradova D.S., Nekrasov P.A., Gorshkov A.N., Garmay Y.P., Kovaleva A.A.,
  Stepanova L.A., Tsybalova L.M., Shtam T.A., Myasnikov A.G., Konevega A.L. Inside
  and outside of virus-like particles HBc and HBc/4M2e: A comprehensive study of the
  structure // Biophysical Chemistry. – 2023 – V. 293 – P. 106943
• Zabrodskaya Y.A., Egorov V.V., Sokolov A.V., Shvetsov A.V., Gorshkova Y.E.,
  Ivankov O.I., Kostevich V.A., Gorbunov N.P., Ramsay E.S., Fedorova N.D.,
  Bondarenko A.B., Vasilyev V.B. Caught red handed: modeling and confirmation of
  the myeloperoxidase ceruloplasmin alpha-thrombin complex // Biometals. – 2022 –
  V. 35 – № 6 – P. 1157-1168.
• Shaldzhyan A.A., Zabrodskaya Y.A., Baranovskaya I.L., Sergeeva M.V., Gorshkov

  A.N., Savin I.I., Shishlyannikov S.M., Ramsay E.S., Protasov A.V., Kukhareva A.P.,

  Egorov V.V. Old dog, new tricks: Influenza a virus NS1 and in vitro fibrillogenesis //

  Biochimie. – 2021 – V. 190 – P. 50-56.
• Antimonova O.I., Grudinina N.A., Ilyin V.V., Polukeev V.A., Shavlovsky M.M.,
  Zabrodskaya Y.A., Shabalin K.A., Yakimov A.P., Ramsay E.S., Protasov A.V.,
  Egorov V.V. Time machine: Can a dye from 1928 be re-purposed for modern,
  fluorescence-based detection of amyloid-like fibrils? // Dyes and Pigments. – 2020 –
  V. 172 – P. 107863
• Antimonova O.I., Lebedev D.V., Zabrodskaya Y.A., Grudinina N.A., Timkovsky
  A.L., Ramsay E., Shavlovsky M.M., Egorov V.V. Changing times: fluorescence-
  lifetime analysis of amyloidogenic sf-iapp fusion protein // Journal of Structural
  Biology. – 2019 – V. 205 – № 1 – P. 78-83.