Целью ЦК (центра компетенций) «Микробная терапия» является систематизация имеющихся в литературе и накопленных в ИЭМе фундаментальных знаний об антимикробной активности пробиотиков и аутопробиотиков, о подходах к созданию на их основе новых лекарственных средств. Прикладной аспект изучаемых материалов: возможности применения пробиотических и аутопробиотических препаратов в терапии заболеваний желудочно-кишечного тракта (в том числе в комплексной терапии, а также различных хронических заболеваний внутренних органов (в том числе в комплексной терапии онкологических заболеваний).

Актуальность изучения новых альтернативных препаратов с антимикробной активностью обусловлена необходимостью поиска путей по преодолению проблемы стремительно растущей устойчивости бактерий к имеющимся традиционно используемым антибиотикам. В задачи ЦК будет входить сбор данных и мониторинг материалов по имеющимся методам и подходам разработки и использования пробиотиков и аутопробиотиков, оценки их антимикробной активности и расшифровки механизмов действия. Задачей ЦК также является распространение накопленных знаний и компетенций среди широкого круга специалистов, интересующихся данными проблемами, в форме проведения семинаров, мастер-классов и других мероприятий, способствующих обмену научными знаниями; а также организация научно-популярных лекций для широкой аудитории с целью популяризации научных знаний по вопросам применения пробиотиков и аутопробиотиков в комплексной терапии хронических заболеваний.