Почетные члены Императорского Института экспериментальной медицины (ИИЭМ) избирались Советом Института и представлялись Попечителем на утверждение Императору. За период с 1891 по 1917 г. были избраны 13 почетных членов и докторов ИИЭМ. После Февральской революции 1917 года ИИЭМ стал Государственным Институтом экспериментальной медицины (ГИЭМ), структура управления институтом была преобразована. Руководящим органом ГИЭМ стал Совет Института, возглавляемый Президентом Института. И. П. Павлов был избран на эту должность, но протоколы того времени не сохранились. Обязанности Попечителя Института перешли к Совету, однако в советское время были избраны лишь два Почетных члена ИЭМ. С 1981 года восстановлена традиция проведения ежегодных Актовых дней, а с 1996 года — возрождена традиция избрания Ученым советом НИИ экспериментальной медицины почетных докторов ИЭМ (Honoris Doctor). Звание Почетного доктора ИЭМ присуждается за выдающиеся достижения ученого в области медикобиологических наук и их истории, а также за плодотворное сотрудничество в развитии направлений, разрабатываемых Институтом. В Актовый день Института им вручается мантия Почетного доктора и диплом.

Почетные члены Императорского Института экспериментальной медицины, избранные с 1891 по 1917 гг.
1891	Принцесса Евгения Максимильяновна Ольденбургская (1845-1925). Избрана 25 сентября 1891 года. Избрание утверждено Императором Александром III 19 декабря 1891 года.
1891	Профессор Louis Pasteur (1822-1895). Директор Института Пастера в Париже, иностранный Почетный член СПб АН. Избран 14 октября 1891 года. Избрание утверждено Императором Александром III 26 октября 1891 года.
1892	Профессор Rudolf Ludwig Karl Virchow (1821-1902). Член-корреспондент СПб АН. Избрание утверждено Императором Александром III 25 августа 1892 года.
1892	Граф Анатолий Владимирович Орлов-Давыдов (1837-1906). Обер-гофмейстер Высочайшего Двора. Избрание утверждено Императором Александром III 15 января 1893 года.
1896	Великий Князь Константин Константинович (1858-1915). Избрание утверждено Императором Николаем II 6 декабря 1896 года.
1900	Принц Петр Александрович Ольденбургский (1868-1924). Избран 14 ноября 1901 года. Избрание утверждено Императором Николаем II 25 января 1901 года.
1901	Граф Дмитрий Мартынович Сольский (1833-1910). Председатель департамента государственной экономики. Избран 17 декабря 1901 года. Избрание утверждено Императором Николаем II 22 декабря 1901 года.
?	Профессор Heinrich Hermann Robert Koch (1843-1910). Лауреат Нобелевской премии. Избрание утверждено Императором Николаем II.
?	Профессор Joseph Lister (1827-1912). Президент Лондонского королевского общества. Избрание утверждено Императором Николаем II.
1910	Профессор Paul Ehrlich (1854-1915). Лауреат Нобелевской премии. Избран 22 ноября 1910 года. Избрание утверждено Императором Николаем II 4 декабря 1910 года. Приказом №19 от 19.12.1914 г. в виду предложения МВД России на основании Высочайше одобренного 19.11.1914 г. положения Совета Министров исключен из состава почетных членов.
?	Профессор Сергей Михайлович Лукьянов (1855-1935). Избрание утверждено Императором Николаем II.
1912	Профессор Мария Склодовская-Кюри (1867-1934). Дважды лауреат Нобелевской премии. Избрание утверждено Императором Николаем II.
1917	Доктор Викентий Мечиславович Богуцкий (1871-1929). Товарищ министра внутренних дел Временного Правительства России, городской голова Одессы, министр здравоохранения Польши, Вице-президент Варшавы. Избран 12 октября 1917 года. Избрание утверждено Постановлением Временного Правительства от 17 октября 1917 года.
Почетные члены Института экспериментальной медицины, избранные в советское время
1924	Профессор Pierre-Paul-Emile Roux (1853-1933). Член Французской медицинской академии и Парижской академии наук. Иностранный Почетный член АН СССР
1929	Академик Даниил Кириллович Заболотный (1866-1929). Президент Всеукраинской академии наук. Избран Советом Института экспериментальной медицины 01 октября 1929 года. Избрание утверждено Народным Комиссаром Здравоохранения РСФСР Н.А. Семашко 18 ноября 1929 года.
Почетные доктора Института экспериментальной медицины, избранные с 1996 года
1996	Академик РАМН Анатолий Николаевич Климов (1920-2011). Решение Ученого совета ИЭМ от 24 июня 1996 г. Диплом №1.
1997	Академик РАМН Валентин Иванович Покровский (р. 1929). Решение Ученого совета ИЭМ от июня 1997 г. Диплом №2.
1997	Профессор Joseph J. Ferretti, США (р. 1937). Решение Ученого совета ИЭМ от июня 1997 г. Диплом №3.
1998	Академик РАМН Юрий Михайлович Лопухин (1924-2016). Решение Ученого совета ИЭМ от 25 июня 1998 г. Диплом №4.
1999	Профессор Андрей Павлович Дыбан (1922-2013). Решение Ученого совета ИЭМ от 7.октября 1999 г. Диплом №5.
1999	Профессор Robert Borland, Австралия (1933-2010). Решение Ученого совета ИЭМ от 7 октября 1999 г. Диплом №6.
2000	Академик РАМН Юрий Леонидович Шевченко (р. 1947). Решение Ученого совета ИЭМ от 29 июня 2000 г. Диплом №7.
2001	Академик РАМН Николай Павлович Бочков (1931-2011). Решение Ученого совета ИЭМ от 31 мая 2001 г. Диплом №8.
2002	Профессор Борис Николаевич Софронов (1924-2007). Решение Ученого совета ИЭМ от 20 июня 2002 г. Диплом №9.
2003	Академик АМН СССР Дмитрий Андреевич Бирюков, профессор (1904–1969). Решение Ученого совета ИЭМ от 22 мая 2003 г. Диплом №10.
2004	Академик РАМН Елена Андреевна Корнева (р. 1929). Решение Ученого совета ИЭМ от 20 мая 2004 г. Диплом №11.
2004	Академик РАМН Артем Акопович Тотолян (р. 1929). Решение Ученого совета ИЭМ от 20 мая 2004 г. Диплом №12.
2006	Академик РАМН Николай Антонович Яицкий (р. 1938). Решение Ученого совета ИЭМ от 15 июня 2006 г. Диплом №13.
2007	Академик РАМН Федор Иванович Комаров (1920-2020). Решение Ученого совета ИЭМ от 21 июня 2007 г. Диплом №14.
2008	Член-корреспондент РАМН Николай Сергеевич Сапронов (1937-2019). Решение Ученого совета ИЭМ от 19 июня 2007 г. Диплом №15.
2008	Профессор Yuaka Oomora, Япония (р. 1925). Решение Ученого совета ИЭМ от 29 мая 2008 г. Диплом №16.
2009	Доктор Nancy Cox, США (р. 1949). Решение Ученого совета ИЭМ от 21 мая 2009 г. Диплом №17.
2010	Академик РАН и РАМН Валерий Александрович Черешнев (р. 1944). Решение Ученого совета ИЭМ от 27 мая 2010 г. Диплом №18.
2010	Иностранный член РАН Yang Yonghong (р. 1944). Решение Ученого совета ИЭМ от 27 мая 2010 г. Диплом №19.
2011	Профессор Лариса Георгиевна Руденко (р. 1943). Решение Ученого совета ИЭМ от 24 мая 2011 г. Диплом №20.
2012	Академик РАМН Александр Иванович Арчаков (р. 1940). Решение Ученого совета ИЭМ от 20 сентября 2012 г., Диплом №21.
2012	Академик РАН Юрий Викторович Наточин (р. 1932). Решение Ученого совета ИЭМ от 20 сентября 2012 г. Диплом №22.
2013	Академик РАМН Эдуард Карпович Айламазян (р. 1940). Решение Ученого совета ИЭМ от 26 сентября 2013 г. Диплом №23.
2013	Профессор Paul Patrick Cleary, США (р. 1941). Решение Ученого совета ИЭМ от 26 сентября 2013 г. Диплом №24.
2014	Профессор Виктор Матвеевич Клименко (р. 1943). Решение Ученого совета ИЭМ от 26 июня 2014 г. Диплом №25.
2015	Академик РАН Михаил Иванович Давыдов (р. 1947). Решение Ученого совета ИЭМ от 29 июня 2015 г. Диплом №26.
2015	Профессор Халмурат Упур, Китай. Решение Ученого совета ИЭМ от 29 июня 2015 г. Диплом №27.
2016	Академик РАН Генрих Александрович Софронов (р. 1936). Решение Ученого совета ИЭМ от 30 июня 2016 г. Диплом №28.
2017	Член-корреспондент РАН Ирина Соломоновна Фрейдлин (р.1936). Решение Ученого совета ИЭМ от 22 июня 2017 г. Диплом №29.
2018	Член-корреспондент РАН Александр Николаевич Суворов (р.1956). Решение Ученого совета ИЭМ от 28 июня 2018 г. Диплом №30.
2021	Академик РАН Владимир Иванович Стародубов (р.1950). Решение Ученого совета ИЭМ от 24 сентября 2020 г. Диплом №31.
2022	Профессор Александр Дорофеевич Денисенко (р.1946). Решение Ученого совета ИЭМ от 23 июня 2022 года. Диплом №32.