Лаборатория персонифицированной микробной терапии

Руководитель лаборатории – д.м.н. Ермоленко Елена Игоревна

Направление «Инфекционные заболевания и антимикробная терапия»

Задачи

  1. Исследование особенностей микробиома, биохимических показателей, маркеров воспаления и других клинико-лабораторных параметров, позволяющих проводить оценку функций сердечно-сосудистой системы, ЦНС, пищеварения и иммунитета при различной степени нарушения углеводного обмена.
  2. Исследование микробиоты кишечника и проведение корреляционного анализа между составом микробиоты и клинико-лабораторными показателями, характеризующими различные формы метаболического синдрома (МС). Выбор аутопробиотика с учетом состава микробиоценозов больных с метаболическим синдромом.
  3. Анализ эффективности различных видов аутопробиотиков для разных групп пациентов, отличающихся по проявлениям МС. Сравнение эффекта различных схем терапии: однократный и двукратный курсы (20 дней) через 1 месяц.
  4. Разработка алгоритма комплексной терапии с включением аутопробиотиков у лиц с различной степенью нарушения метаболизма глюкозы и подготовка методических рекомендаций.

Направление «Онкология»

Задачи

  1. Изучение микробиологических маркеров отдельных нозологических форм в онкологии на примере колоректального рака и миелолейкозов.
  2. Создание алгоритма прогнозирования развития рецидивов и собственно онкологического процесса по данным метагенома кишечника и иммунограмм.

Изучение динамики микробиологических, иммунологических и клинических показателей у онкологических больных после использования цитостатиков, различных видов антимикробной терапии больных после хирургического лечения колоректального рака и пациентов гематологического отделения после трансплантации костного мозга.

Основные направления работы

Направление «Инфекционные заболевания и антимикробная терапия» – Персонифицированная микробная терапия как подход к коррекции соматических патологий (метаболический синдром и диабет 2 типа).

Направление «Онкология» – Разработка подхода к повышению отдаленных результатов лечения онкологических пациентов путем персонифицированной микробной терапии.

 

Проекты

  • Персонифицированная микробная терапия как подход к коррекции соматических патологий (метаболический синдром и диабет 2 типа).

Целью настоящего проекта является оценка эффективности аутопробиотиков для использования в комплексной терапии сахарного диабета второго типа, гестационного диабета, иммунозависимых заболеваний.

  • Разработка подхода к повышению отдаленных результатов лечения онкологических пациентов путем персонифицированной микробной терапии.

Целью настоящего проекта является изучение эффективности аутопробиотической терапии в комплексном лечении пациентов онкологического и онкогематологического профилей.

Структура

Группа по исследованию инновационных вакцин для профилактики инфекционных осложнений у пациентов с хронических обструктивными заболеваниями легких

Руководит группой молодой перспективный исследователь, к.б.н. – Цапиева Анна Николаевна.

 

Сотрудники лаборатории персонифицированной микробной терапии

Заведующий лабораторией, д.м.н., доцент – Ермоленко Елена Игоревна

младший научный сотрудник – Артемьев Илья Андреевич

ведущий научный сотрудник, д.м.н. – Маслянский Алексей Леонидович

младший научный сотрудник – Ткачук Александра Сергеевна

младший научный сотрудник – Васюкова Елена Андреевна

научный сотрудник, к.м.н. – Симаненкова Анна Владимировна

ведущий научный сотрудник, д.м.н. – Демченко Елена Алексеевна

младший научный сотрудник – Андреева Алена Тимуровна

научный сотрудник, к.б.н. – Дуплик Надежда Владленовна

научный сотрудник, к.м.н. – Алехина Галина Геннадьевна

научный сотрудник, к.б.н. – Цапиева Анна Николаевна

научный сотрудник – Котылева Марина Петровна

научный сотрудник – Болдырева Надежда Павловна

научный сотрудник – Лаврёнова Надежда Сергеевна

старший научный сотрудник, к.м.н., доцент – Пунченко Ольга Евгеньевна

 

Основные публикации сотрудников:

  • Захаренко А.А., Суворов А.Н., Шлык И.В., Тен О.А., Джамилов Ш.Р., Натха А.С., Трушин А.А., Беляев М.А. Нарушения микробиоценоза кишечника у больных колоректальным раком и способы их коррекции (обзор литературы) // Колопроктология. ‒ 2016. ‒№2 (56). ‒ С. 48-56.
  • Багненко, С.Ф. Периоперационные изменения кишечного микробиоценоза у больных раком толстой кишки / С.Ф. Багненко, А.А. Захаренко, А.Н. Суворов, И.В. Шлык, О.А. Тен, Ш.Р. Джамилов, М.А. Беляев, А.А. Трушин, А.С. Натха, Д.А. Зайцев, К.Н. Вовин, В.А. Рыбальченко // Вестник хирургии им. И.И. Грекова. ‒ 2016. ‒ Т. 175, № 6. ‒ С. 33-37.
  • Ермоленко Е.И., Ерофеев Н.П., Захарова Л.Б., Парийская Е.Н., Котылева М.П., Крамская Т.А., Карасева А.Б., Суворов А.Н. Особенности состава микробиоты и моторики кишечника после коррекции экспериментального дисбиоза пробиотическими и аутопробиотическими энтерококками // Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология.  ‒ 2017. ‒ № 7 (143). ‒ С. 89-96.
  • Соловьева О.И., Симаненков В.И. , Суворов А.Н., Ермоленко Е.И., Шумихина И.А., Свиридо Д.А. Использование пробиотиков и аутопробиотиков в лечении синдрома раздраженной толстой кишки // Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. − 2017. − № 7 (143). − С. 115-120.
  • Ermolenko E.I., Abdurasulova I.N., Kotyleva M.P., Matsulevich A.V., Karaseva A.B., Tarasova E.A., Sizov V.V., Suvorov A.N., Svirido D.A. Effects of indigenous enterococci on the intestinal microbiota and the behavior of rats on correction of experimental dysbiosis // Neuroscience and Behavioral Physiology. ‒ 2018. ‒ Т. 48, № 4. ‒ С. 496-505.
  • Ermolenko E., Rybalchenko O., Borshev Y., Tarasova E., Kramskaya T., Leontieva G., Kotyleva M., Orlova O., Abdurasulova I., Suvorov A. Influence of monostrain and multistrain probiotics on immunity, intestinal ultrastructure and microbiota in experimental dysbiosis // Beneficial Microbes. ‒ 2018. ‒ № б/н. ‒ С. 1-14.
  • Suvorov A., Karaseva A., Kotyleva M., Kondratenko Y., Lavrenova N. , Korobeynikov A. , Kozyrev P. , Kramskaya T., Leontieva G., Kudryavtsev I., Guo D., Lapidus A., Ermolenko E. . Autoprobiotics as an Approach for Restoration of Personalised Microbiota // Front Microbiol. – 2018 − Vol.  9 − Article 1869.
  • Ермоленко Е.И., Кудрявцев И.В., Соловьева О.И., Карасева А.Б., Цапиева А.Н., Кондратенко Ю.Д., Котылева М.П., Серебрякова М.К., Шумихина И.А., Суворов А.Н. Особенности субпопуляционного состава регуляторных Т-лимфоцитов и микробиоты кишечника при синдроме раздраженного кишечника // Медицинская иммунология. ‒ 2020. ‒ Т. 22, № 2. ‒ С. 335-346.
  • Джапаридзе Л.А., Суворов А.Н. Изучение микробиома человека как основы для коррекции инфекционных и неинфекционных патологий // Региональная экология. –2018. –№ 4 (54). –С. 16-27
  • Miliukhina I.V., Ermolenko E.I., Ivanova A.S., Suvorov A.N. role of gut microbiota in pathogenesis of parkinson’s disease // Неврологический журнал.– 2018.– Т. 22. –№ 6. –С. 28
  • Ermolenko E.I., Abdurasulova I.N., Kotyleva M.P., Matsulevich A.V., Karaseva A.B., Tarasova E.A., Sizov V.V., Suvorov A.N., Svirido D.A. Еffects of indigenous enterococci on the intestinal microbiota and the behavior of rats on correction of experimental dysbiosis // Neuroscience and Behavioral Physiology.– 2018. –Т. 48. –№ 4. –С. 496-505.
  • Suvorova M.A., Kramskaya T.A., Suvorov A.N., Kiseleva E.P. Inactivation of m111 protein gene modifies streptococcus pyogenes interactions with mouse macrophages in vitro // Bulletin of Experimental Biology and Medicine. –2018. –Т. 164. –№ 3. –С. 347-350.
  • Suvorov A, Karaseva A, Kotyleva M, et al. Autoprobiotics as an Approach for Restoration of Personalised Microbiota // Front Microbiol.– 2018. –9. – doi:10.3389/fmicb.2018.01869
  • СмолоногинаТ.А., Исакова-СивакИ.Н., КотоминаТ.С., ЕвсинаА.С., СтепановаЕ.А., ПрокопенкоП.И., ЛеонтьеваГ.Ф., СуворовА.Н., РуденкоЛ.Г.  Конструирование векторной вакцины на основе холодо-адаптированного вируса гриппа для защиты от бактериальной инфекции, вызываемой стрептококками группы В. // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. –2019. –Т. 37. –№ 1. –С. 25-34.
  • Starikova EA, Golovin A.S., Vasilyev K.A., Karaseva A.B., Serebriakova M.K., Sokolov A.V., Kudryavtsev I.V. Burova L.A., Voynova I.V., Suvorov A.N., Vasilyev V.B., Freidlin I.S. Role of argininedeiminase in thymicatrophy during experimental Streptococcus pyogenesinfection // Scand J Immunol. –2019/ –89 (2). –e Doi.org/10.1111/sji.12734
  • Gupalova T., Leontieva G., Kramskaya T., Grabovskaya K., Bormotova E., Korjevski D., Suvorov A. Development of experimental GBS vaccine for mucosal immunization // PLOS one. – 2018. Doi. 10.1371/journal.pone.0196564
  • Gupalova T, Leontieva G, Kramskaya T, Grabovskaya K, Kuleshevich E, Suvorov A. Development of experimental pneumococcal vaccine for mucosal immunization // PLOS one. – 2019. –14(6). –e0218679. doi:10.1371/journal.pone.0218679.
  • Desheva Y, Leontieva G, Kramskaya T, Suvorov A. Mucosal vaccine based on attenuated influenza virus and the group B Streptococcus recombinant peptides protected mice from influenza and S. pneumoniae infections // PLoS One. –2019. – 14(6). –e0218544. doi:10.1371/journal.pone.0218544
  • Desheva Yulia A., Leontieva Galina F., Kramskaya Tatiana A., Landgraf Galina O.,. Sychev Ivan A, Rekstin Andrey R., Suvorov Alexander N. Factors of early protective action of live influenza vaccine combined with recombinant bacterial polypeptides against homologous and heterologous influenza infection // Heliyon.– 2019. – 5(2). – e01154. doi: 10.1016/j.heliyon.2019.e01154
  • Kramskaya T., Leontieva G., Desheva Yu.,  Grabovskaya K., Gupalova T., Rudenko L., Suvorov A.. Combined immunization with attenuated live influenza vaccine and chimeric pneumococcal recombinant protein facilitates mixed virus-bacterial infection in mice // PLoS One. –2019
  • Suvorov A, E. Ermolenko, G. Alechina , A. Chernysh, A. Karaseva, , F. Di Pierro  Enterococcus as probiotics: what is the advantage? // Nutrafoods. – 2019. – 1. – С. 17-25. DOI_10.17470_NF-019-0003.pdf
  • Ermolenko EI, Desheva YA, Kolobov AA, Kotyleva MP, Sychev IA, Suvorov AN. Anti-Influenza Activity of Enterocin B In vitro and Protective Effect of BacteriocinogenicEnterococcal Probiotic Strain on Influenza Infection in Mouse Model // Probiotics Antimicrob Proteins. 2019 Jun;11(2):705-712. doi: 10.1007/s12602-018-9457-0.
  • КарасеваА.Б, КолобовА.А., СуворовА.Н. Сравнительный анализ антимикробной активности синтетических бактериоцинов энтерококков. // Проблемы медицинской микологии. – 2019. – Т.21. – №2 – c. 78
  • Tiwari, S. K. Probiotics at War Against Viruses: What Is Missing From the Picture?/ S.K. Tiwari, L. Dicks, I.V. Popov, A. Karaseva, A.M. Ermakov, A.  Suvorov, J.R. Tagg, R. Weeks, M.L. Chikindas // Frontiers in microbiology − 2020. – Vol. 11. − Article 1877.
  • Suvorov A. What Is Wrong with Enterococcal Probiotics? //  Probiotics Antimicrob Proteins. – 2020. – Vol. 12 (1). – P. 1-4.
  • Ермоленко Е.И., Кудрявцев И.В., Соловьева О.И., Карасева А.Б., Цапиева А.Н., Кондратенко Ю.Д., Котылева М.П., Серебрякова М.К., Шумихина И.А., Суворов А.Н. Особенности субпопуляционного состава регуляторных т-лимфоцитов и  микробиоты кишечника при  синдроме раздраженнго кишечника // Медицинская иммунология. –2020.– Т. 22. –№ 2. –С. 335-346.
  • Абдурасулова И.Н., Мацулевич А.В., Тарасова Е.А., Кудрявцев И.В., Никифорова И.Г., Серебрякова М.К., Мирошниченко М.И., Ивашкова Е.В., Татаринов А.Е., Ильвес А.Г., Ермоленко Е.И., Бисага Г.Н., Столяров И.Д., Клименко В.М. Изменения микробиома кишечника при рассеянном склерозе связаны с иммунными изменениями и психоэмоциоанальными нарушениями // Медицинский академический журнал. –2019. –Т. 19. –№ S. –С. 51-54.
  • Кудрявцев И.В., Ермоленко Е.И., Соловьева О.И., Серебрякова М.К., Шумихина И.А., Суворов А.Н. Субпопуляционный состав t-лимфоцитов при синдроме раздраженного кишечника // Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. –2019. –№ 5 (165). –С. 22-28.
  • Сепп А.Л., Яшин А.В., Котылева М.П., Ермоленко Е.И., Коваленок Ю.К., Добровольский С.А., Громова Л.В. Влияние пробиотических энтерококков на активность пищеварительных ферментов и состояние микробиоты кишечника у поросят в период отъема // Международный вестник ветеринарии. –2019. –№ 3. – С. 99-103.
  • Бактериальные кишечные инфекции с синдромом гемоколита у детей: этиология, лабораторная диагностика Гончар Н.В., Ермоленко К.Д., Климова О.И., Ермоленко Е.И., Гостев В.В., Лобзин Ю.В. Медицина экстремальных ситуаций.– 2019. –Т. 21.– № 1. –С. 92-104.
  • Успенский Ю.П., Барышникова Н.В., Ермоленко Е.И., Суворов А.Н., Сварваль А.В. Вакцина против helicobacter pylori: миф или реальность? Инфекция и иммунитет. – 2019. –Т. 9. –№ 3-4. –С. 457-466.
  • Абдурасулова И.Н., Тарасова Е.А., Кудрявцев И.В., Негореева И.Г., Ильвес А.Г., Серебрякова М.К., Ермоленко Е.И., Ивашкова Е.В., Мацулевич А.В., Татаринов А.Е., Столяров И.Д., Клименко В.М., Суворов А.Н. Состав микробиоты кишечника и популяций циркулирующих th-клеток у пациентов с рассеяннысостав микробиоты кишечника и популяций циркулирующих th-клеток у пациентов с рассеянным склерозом // Инфекция и иммунитет. –2019. –Т. 9. –№ 3-4. –С. 504-522.
  • Ermolenko E.I., Desheva Y.A., Kolobov A.A., Kotyleva M.P., Sychev I.A., Suvorov A.N. Anti–influenza activity of enterocin b in vitro and protective effect of bacteriocinogenic enterococcal probiotic strain on influenza infection in mouse model Probiotics and Antimicrobial Proteins. –2019. –Т. 11. –№ 2. –С. 1-8.
  • Громова Л.В., Полозов А.С., Корнюшин О.И., Грефнер Н.М., Алексеева А.С., Дмитриева Ю.В., Ермоленко Е.И., Груздков А.А. К ДИАБЕТУ ТИПА 2. Адаптация гидролитических ферментов и системы всасывания глюкозы в тонкой кишке В книге: Метаболический синдром. Фундаментальные и клинические аспекты – от теории к практике. – –С. 7-8.
  • Ermolenko E.I., Abdurasulova I.N., Kotyleva M.P., Matsulevich A.V., Karaseva A.B., Tarasova E.A., Sizov V.V., Suvorov A.N., Svirido D.A. Effects of indigenous enterococci on the intestinal microbiota and the behavior of rats on correction of experimental dysbiosis // Neuroscience and Behavioral Physiology. –2018. –Т. 48. –№ 4. –С. 496-505.
  • Абдурасулова И.Н., Тарасова Е.А., Никифорова И.Г., Ильвес А.Г., Ивашкова Е.В., Мацулевич А.В., Татаринов А.Е., Шангина Л.В., Ермоленко Е.И., Клименко В.М., Столяров И.Д., Суворов А.Н. Особенности состава микробиоты кишечника у пациентов с рассеянным склерозом, получающих препараты, изменяющие течение рассеянного склероза // Журнал неврологии и психиатрии им. C.C. Корсакова. –2018. –Т. 118.–№ 8-2. –С. 62-69.
  • Miliukhina I.V., Ermolenko E.I., Ivanova A.S., Suvorov A.N. Role of gut microbiota in pathogenesis of parkinsons disease // Неврологический журнал.– –Т. 22. –№ 6.– С. 280-286.
  • Ermolenko E., Rybalchenko O., Borshev Y., Tarasova E., Kramskaya T., Leontieva G., Kotyleva M., Orlova O., Abdurasulova I., Suvorov A. Influence of monostrain and multistrain probiotics on immunity, intestinal ultrastructure and microbiota in experimental dysbiosis // Beneficial Microbes. –2018.– № б/н. –С. 1-14.
  • Suvorov A., Karaseva A., Kotyleva M., Lavrenova N., Kramskaya T., Leontieva G., Kudryavtsev I., Ermolenko E., Kondratenko Y., Korobeynikov A., Kozyrev P., Lapidus A., Guo D. Autoprobiotics as an approach for restoration of personalised microbiota // Frontiers in Microbiology. –2018. –Т. 9.  –С. 1869.
  • Tkachenko O., Lapin S., Mazing A., Emanuel V., Belolipetskaia E., Beliaeva I., Myachikova V., Maslyansky A., Schierack P., Roggenbuck D.Profiling of non-criteria antiphospholipid antibodies in patients with sle: differentiation of thrombotic sle patients and risk of recurrence of thrombosis –2020. –Т. 29. –№ 5. –С. 490-498.
  • Tkachenko O., Lapin S., Mikhailova L., Maslyansky A., Myachikova V., Gilburd B.Relapsing evans syndrome and systemic lupus erythematosus with antiphospholipid syndrome treated with bortezomib in combination with plasma exchange // Clinical Immunology.– 2019. –Т. 199. –С. 44-46.
  • Гусева В.И., Лапин С.В., Мячикова В.Ю., Маслянский А.Л., Чухловин А.Б., Иванова Н.Е., Ткаченко О.Ю., Блинова Т.В., Тотолян А.А.Клиническое значение определения генов локуса hla-drb1 при ревматоидном артрите // Медицинская Иммунология.– 2019. –Т. 21. –№ 2. –С. 333-340.
  • Мячикова В.Ю., Титов В.А., Маслянский А.Л., Моисеева О.М.Идиопатический рецидивирующий перикардит – смена парадигмы? // Российский Кардиологический Журнал.– 2019. –Т. 24. –№ 11. –С. 155-163.
  • Tkachenko O., Lapin S., Guseva V., Mikhailova L., Maslyansky A.L., Myachikova V.Yu., Belolipetskaia E., Belyaeva I., Mazurov V., Ivanova N., Gilburd B.Influence of hla-drb1 susceptibility alleles on the autoantibodies spectrum of systemic lupus erythematosus in european part of Russia // Autoimmunity Reviews. –2019. –Т. 18. –№ 5. –С. 558-560.
  • Deodhar A., Gensler L.S., Sieper J., Clark M., Calderon C., Wang Y., Zhou Y., Leu J.H., Campbell K., Sweet K., Harrison D.D., Hsia E.C., Heijde D., Ariel F., Asnal C.A., Berman A., Citera G., Rodriguez G., Savio V.G., Bird P., Griffiths H., Nicholls D., Rischmueller M., Zochling J., De Vlam K., Malaise M., Toukap A.N., Van Den Bosch F., Vanhoof J., Bonfiglioli R., Keiserman M., Scotton A.S., Xavier R., Ximenes A.C., Atanasov A., Goranov I., Kazmin I., Licheva R.N., Nikolov N., Oparanov B., Stoilov R., Bessette L., Rodrigues J., Bortilik L., Dokoupilova E., Dvoarak Z., Galatikova D., Nemec P., Podrazilova L., Simkova G., Stejfova Z., Moravcova R., Vitek P., Cantagrel A., Baillet A., Banneville B., Combe B., Breban M., Nguyen M., Goupille P., Braun J., Everding A., Kekow J., Koenig R., Rubbert-Roth A., Witte T., Bartha A., Drescher E., Kerekes K., Kovacs A., Pulai J., Rojkovich B., Szanto S., Toth E., Avila H., Torre I.G., Irazoque F., Maradiaga M., Pacheco C., Brzosko M., Dudek A., Jeka S., Krogulec M., Kwiatkowska B., Wiland P., Wojciechowski R., Zielinska A., Santos H.Three multicenter, randomized, double-blind, placebo-controlled studies evaluating the efficacy and safety of ustekinumab in axial spondyloarthritis // Arthritis And Rheumatology. –2019.– Т. 71. –С. 258.
  • Беневоленская С.С., Королькова А.А., Мячикова В.Ю., Кувардин Е.С., Зоткина К.Е., Хаджидис А.К., Григорьева И.Н., Бехтерева И.А., Криволапов Ю.А., Лила А.М., Маслянский А.Л.Комбинированная биологическая терапия белимумабом и ритуксимабом у пациента с болезнью шегрена  // Терапия. –2019.– Т. 5. –№ 8 (34).– С. 140-150.
  • Deodhar A., Gottlieb A.B., Boehncke W.H., Dong B., Wang Yu., Zhuang Ya., Barchuk W., Xu X.L., Hsia E.C., Aelion Ja., Amarelo-Ramos Ju., Balsa A., Berghea F., Brzezicki Ja., Burnette M., Fretzin S., García-Carazo S., Gladstein G., Gomez-Reino Ju., Gooderham M. Et Al.Efficacy and safety of guselkumab in patients with active psoriatic arthritis: a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 2 study // The Lancet. –2018. –Т. 391. –№ 10136. –С. 2213-2224.
  • Кузнецова Д.А., Лапин С.В., Гайдукова И.З., Ребров А.П., Маслянский А.Л.Клинико-диагностическая значимость аутоантител к cd74 при аксиальных спондилоартритах // Клиническая Лабораторная Диагностика. –2018. –Т. 63. –№ 5. –С. 297-301.
  • Кляус Н.А., Симакова М.А., Маслянский А.Л., Моисеева О.М.Поиск клинических предикторов легочной гипертензии у пациентов с системной склеродермией  // Научно-Практическая Ревматология. –2018. –Т. 56.– № 5. –С. 586-590.
  • Гусева В.И., Лапин С.В., Мазинг А.В., Маслянский А.Л., Мячикова В.Ю.Значимость определения генов системы hla для диагностики ревматоидного артрита // Медицинская Иммунология. –2017. –Т. 19.– № S.– С. 114.
  • Budanova M., Mitrofanova L., Kozlenok A., Ryzhkova D., Maslyanskiy A., Moiseeva O.Ventricular Tachycardia As The First Manifestation Of Churg-Strauss Syndrome // Journal Of Cardiology Cases. –2017. –Т. 15. –№ 2. –С. 61-64.

 

Патенты

  • Абдурасулова И.Н., Тарасова Е.А., Ермоленко Е.И., Мацулевич А.В., Суворов А.Н. Применение пробиотического штамма микроорганизма enterococcus faecium l-3 для лечения нейродегенеративных заболеваний Патент на изобретение RU 2642246 C2, 24.01.2018. Заявка № 2014154366 от 30.12.2014.