Лаборатория инновационных методов микробиологического мониторинга

Основные задачи

Основные задачи лаборатории связаны с выполнением фундаментальных и прикладных исследований, направленных на изучение процессов формирования и распространения эпидемиологически актуальных штаммов условно-патогенных и патогенных бактерий. В настоящее время коллектив лаборатории  выполняет данные исследования в рамках научного проекта НЦМУ «Центр персонализированной медицины»  «Разработка подходов к мониторингу формирования эпидемических штаммов  возбудителей нозокомиальных инфекций с множественной лекарственной устойчивостью в условиях пандемии COVID-19 и в постэпидемический период»

Направления работы

– разработка  и совершенствование технологий микробиологического мониторинга распространения эпидемических клонов возбудителей инфекционных заболеваний

– изучение фундаментальных закономерностей  формирования «госпитального генотипа» для возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи

– разработка новых технологий раннего выявления  штаммов возбудителей бактериальных инфекций с множественной лекарственной устойчивостью

Описание проекта

Целью проекта «Разработка подходов к мониторингу формирования эпидемических штаммов  возбудителей нозокомиальных инфекций с множественной лекарственной устойчивостью в условиях пандемии COVID-19 и в постэпидемический период» является разработка комплекса методов, направленных на  быструю идентификацию  эпидемических клонов  мультиантибиотикорезистентных возбудителей ИСМП и прогнозирование последствий их распространения.

Проект  предполагает создание системы раннего выявления неблагоприятных эпидемиологических событий, включая формирование и распространение штаммов возбудителей ИСМП с множественной лекарственной устойчивостью.  Реализация данного проекта в перспективе позволит повысить эффективность и скорость проведения противоэпидемических мероприятий, направленных на сдерживание антибиотикорезистентности, и, за счет этого,  снизить заболеваемость и смертность от инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, существенно сократить экономические затраты медицинских организаций, связанные с закупкой антимикробных препаратов.

Руководитель д.м.н., доцент Гончаров Артемий Евгеньевич

Сотрудники

Азаров Даниил Валерьевич – научный сотрудник

Кулешевич Евгения Владимировна – научный сотрудник

Лебедева Екатерина Андреевна – научный сотрудник

Мохов Алексей Сергеевич – научный сотрудник

Ткачев Павел Владимирович – младший  научный сотрудник

Разработанные и внедренные технологии (описание)

В настоящее время коллектив лаборатории ведет работу по разработке технологии раннего выявления формирования госпитальных штаммов в медицинских организациях стационарного типа на основе использования методов высокопроизводительного секвенирования.

Основные публикации сотрудников

  • Sidorenko, S., Zakharenko, S., Lobzin, Y., Zhdanov, K., Martens, E., Gostev, V., … & Goldstein, A. (2019). Observational study of nasopharyngeal carriage of Neisseria meningitidis in applicants to a military academy in the Russian Federation. International Journal of Infectious Diseases, 81, 12-16. (Q1)
  • Pchelin, I.M., Azarov, D.V., Churina, M.A., Taraskina, A.E., Vasilyeva, N.V. Whole genome sequence of first Candida auris strain, isolated in Russia. Medical Mycology, 2020, 58(3), pp. 414-416 (Q1)
  • Shchepin, O. N., Schnittler, M., Erastova, D. A., Prikhodko, I. S., Dahl, M. B., Azarov, D. V., … & Novozhilov, Y. K. (2019). Community of dark-spored myxomycetes in ground litter and soil of taiga forest (Nizhne-Svirskiy Reserve, Russia) revealed by DNA metabarcoding. Fungal ecology, 39, 80-93. (Q1)
  • Pchelin, I. M., Azarov, D. V., Churina, M. A., Scherbak, S. G., Apalko, S. V., Vasilyeva, N. V., & Taraskina, A. E. (2019). Species boundaries in the Trichophyton mentagrophytes/T. interdigitale species complex. Medical mycology, 57(6), 781-789. (Q1)
  • Pchelin, I.M., Mochalov, Y.V., Azarov, D.V., Vasilyeva, N.V., Taraskina, A.E Genotyping of Russian isolates of fungal pathogen Trichophyton rubrum, based on simple sequence repeat and single nucleotide polymorphism. Mycoses, 2020 (Q1)
  • Pchelin, I. M., Azarov, D. V., Chilina, G. A., Dmitriev, K. A., Vasilyeva, N. V., & Taraskina, A. E. (2018). Single-nucleotide polymorphism in a local population of Trichophyton rubrum. Medical Mycology, 56(1), 125-128. (Q1)
  • Gupalova, T., Leontieva, G., Kramskaya, T., Grabovskaya, K., Kuleshevich, E., & Suvorov, A. (2019). Development of experimental pneumococcal vaccine for mucosal immunization. PloS one, 14(6), e0218679. (Q1)
  • Popova, A. V., Lavysh, D. G., Klimuk, E. I., Edelstein, M. V., Bogun, A. G., Shneider, M. M., … & Severinov, K. V. (2017). Novel Fri1-like Viruses Infecting Acinetobacter baumannii—vB_AbaP_AS11 and vB_AbaP_AS12—Characterization, Comparative Genomic Analysis, and Host-Recognition Strategy. Viruses, 9(7), 188. (Q1)
  • Grigoriev S.E., Savvinov G.N., Novgorodov G.P., Cheprasov M.Y., Fedorov S.E., Ivanov E.V., Tikhonov A.N., Fisher D.C., Shirley E.A., Rountrey A.N., Obadă T.,Garmaeva D.K., Egorova V.E., Petrova P.P., Egorova E.E., Akhremenko Y.A.,Vasilev S.E., Goncharov A.E., Masharskiy A., van der Plicht J. et al. A woolly mammoth (Mammuthus primigenius) carcass from Maly Lyakhovsky island (New Siberian islands, Russian Federation). Quaternary International. 2017. Т. 427. P. 89-103 (Q1).
  • Kuleshevich, E., Ferretti, J., Sanches, I. S., Balasubramanian, N., Spellerberg, B., Efstratiou, A., … & Shevchenko, V. (2017). Clinical strains of Streptococcus agalactiae carry two different variants of pathogenicity island XII. Folia microbiologica, 62(5), 393-399.(Q2)
  • Azarov, D., Goncharov, A., Karaseva, A., Brodina, T., Lebedeva, E., Taranenko, I., … & Zueva, L. (2017). Draft genome sequence of a multidrug-resistant nosocomial Serratia marcescens strain that persisted in a hospital in Kemerovo, Russian Federation. Genome announcements, 5(10).
  • Panin, A. L., Sboichakov, V. B., Belov, A. B., Kraeva, L. A., Vlasov, D. Y., &Goncharov, A. E. (2016). Natural and technogenic focality of infectious diseases in Antarctic settlements. Biology Bulletin Reviews, 6(4), 320-332.https://link.springer.com/article/10.1134/S2079086416040034
  • Goncharov, A. E., Krylenkov, V. A., Kolodzhieva, V. V., Khoroshilov, V. Y.,Kraeva, L. A., & Gorbunov, G. A. (2018). Whole-genome sequencing as a tool for comprehensive assessment of the pathogenic potential of ancient arctic microbiomes. Инфекция и иммунитет, 8(4), 512-513. doi: 10.15789/2220-7619-2018-4-2.5  https :// www. iimmun. ru / iimm / article / viewFile /865/472
  • Крыленков В.А. Микробиота земной криосферы. /Крыленков В.А. Гончаров А.Е..- СПб.: Фолиант, 2019. – 448 с.https://static-eu.insales.ru/files/1/352/9339232/original/Oglavl_Krilenkov_kriosfera.pdf

 

Патенты и изобретения

Суворов А.Н., Гупалова Т.В., Кулешевич Е.В., Леонтьева Г.Ф., Крамская Т.А., Золотарева А.Д. Живая вакцина на основе штамма пробиотиков Enterococcus faecium l3 для профилактики инфекции, вызванной streptococcus pneumonie. Патент на изобретение RU 2701733 C1, 01.10.2019. Заявка № 2018144657 от 14.12.2018.