Большое количество промышленных объектов, учреждений науки и культуры в начале Великой Отечественной войны были эвакуированы в Томск. Туда же была эвакуирована часть сотрудников Института экспериментальной медицины. Значительный объем исследований, проводимых ими в эвакуации, был подчинен задачам военного времени. Основными направлениями в работе стали инфекция (диагностика, профилактика, лечение), травмы военного времени (лечение ранений и профилактика инвалидности).
Одним из эвакуированных в Томск научных сотрудников Института экспериментальной медицины был Петр Степанович Купалов (1888-1964), выпускник Военно-медицинской академии, с 1925 года работавший в институте. Его работы посвящены изучению высшей нервной деятельности животных, особенно нервных процессов и механизмов высших отделов головного мозга. После смерти академика И.П. Павлова в 1936 году, Купалов возглавил Отдел физиологии ИЭМ.
Во время Великой Отечественной войны П.С. Купалов в 1942-1944 годах находился в эвакуации в Томске, где продолжал научную работу. В этот период Купалов изучал механизмы функциональных нарушений после коммоций и контузий головного мозга. Кроме научной работы, во время Великой Отечественной войны Петр Степанович Купалов занимался педагогической деятельностью – читал лекции студентам биологического факультета Томского университета.
Кроме того, для эвакуированных в Томск и жителей города Купалов читал публичные лекции, посвященные жизни и научной деятельности своего учителя – академика И.П. Павлова.
За добросовестный труд в тяжелое для страны время Петру Степановичу Купалову было присвоено звание «Заслуженный деятель науки РСФСР» (1943 г.), он был награжден медалью “За доблестный труд в Великой Отечественной войне ” и Орденом Трудового Красного знамени.