Во время Великой Отечественной войны уже в июле 1941 года в одном из корпусов Института экспериментальной медицины был развернут районный перевязочный пункт, работой которого руководил заведующий Отделом патофизиологии обмена веществ Иван Александрович Пигалев.
В сентябре 1941 года на территории института был открыт эвакогоспиталь – медицинское учреждение, развернутое для лечения эвакуированных с фронта больных и раненых солдат и офицеров. Эвакогоспиталь 9-22 на территории ИЭМ обслуживался силами сотрудников института. И.А. Пигалев был главным хирургом, В.Г. Прокопенко и Е.Н. Сперанская – хирургами ординаторами.
Из-за увеличения количества эвакуированных раненых и больных с фронта, для эвакогоспиталя были отведены еще два корпуса Института экспериментальной медицины и к его обслуживанию были привлечены почти все сотрудники ИЭМ. Госпиталь проработал всю Великую Отечественную войну и был расформирован в 1945 году.