Весной 1942 года в Институте экспериментальной медицины был составлен новый план научно-исследовательской работы. Было утверждено 15 научных тем, связанных с актуальными вопросами медицины военного времени. Для своевременного выполнения этих тем в отделах института велась экспериментальная работа, проводились конференции по плановой тематике, а также совместные научные конференции всех отделов, с привлечением сотрудников лечебных учреждений и госпиталей ленинградского фронта. Работа сотрудников института была важна для лечебной деятельности госпиталей, а как подведение итогов научных результатов, уже 14 августа 1942 года на заседании Ученого совета защищали кандидатские диссертации Н.И. Грекова и Э.Ф. Плешков.
За разработку проблем, имеющих большое значение для развития медицины и биологии, государственных премий во время Великой Отечественной войны удостоены Н.Н. Аничков (1942), А.А. Заварзин (1942 г.). Д.Н. Насонов (1943 г.).