Во время Великой Отечественной войны научная библиотека ИЭМ работала, почти не изменив своего довоенного режима. Во время блокады Ленинграда сотрудникам библиотеки приходилось нелегко – они много времени проводили в неотапливаемом помещении, подбирая книги по заявкам.
В наиболее трудный период ВОВ от голода и болезней погибли сотрудники библиотеки Артемий Артемьевич Артемьев, Владимир Семенович Седых.
28 октября 1942 года скончался библиотекарь Артемий Артемьевич Артемьев, проработавший в Институте экспериментальной медицины 32 года. В самые тяжелые времена для ИЭМ на него можно было положиться, Артемий Артемьевич всегда выполнял любую необходимую для института работу. По состоянию здоровья он не подлежал мобилизации, но все силы отдал работе в научной библиотеке. К сожалению, болезни и голод оборвали его жизнь.
Тогда же, в 1942 умер Владимир Семенович Седых – сотрудник библиотеки, муляжист. В ИЭМ Владимир Семенович проработал почти 35 лет. Его работа была очень важна для института, В.С. Седых из разных материалов создал огромное количество наглядных пособий, использовавшихся для научной работы и выставок. Все его работы отличались большой реалистичностью и мастерством исполнения. Для клиники Института экспериментальной медицины он выполнил муляжи, иллюстрирующие кожные заболевания.
В трудное военное время библиотекарей не случайно называли «бойцами культурного фронта»: в Институте экспериментальной медицины они помогали в научной работе, подбирая необходимые материалы, работали в эвакогоспитале, расположенном на территории института читая раненым книги и газеты.
Имена погибших сотрудников библиотеки есть на доске памяти ИЭМ.