С августа 1941 года в Ленинграде значительно сократилось количество библиотек; в связи с эвакуацией предприятий и учреждений были вывезены и ведомственные библиотеки.
Оставшиеся в блокадном Ленинграде библиотеки продолжали работать: были открыты читальные залы, осуществлялась выдача книг на дом. Пользовалась спросом художественная литература и книги, посвященные лекарственным растениям.
Научная библиотека Института экспериментальной медицины продолжала свою работу.
Сотрудники библиотеки были переведены на рабочие ставки для получения рабочих карточек. Здание научной библиотеки не отапливалось, в помещениях были поставлены ящики с песком, на окна повешены светомаскировочные шторы, в читальном зале заложены окна и созданы бойницы для размещения пулеметов.
Каталоги научной библиотеки перенесли в старое деревянное здание — особняк О.Н. Михальцевой, в котором ИЭМ находился с момента открытия в 1890 году. Здесь, в отапливаемом помещении, сотрудники института работали с каталогами, оформляли заявки на книги. После получения заявки библиотекари подбирали книги в холодном хранилище и приносили читателям в теплый корпус. В блокадную зиму обессилевшие сотрудники библиотеки возили книги на санках.
В тяжелое блокадное время сотрудники научной библиотеки ИЭМ не только обеспечивали выдачу необходимой для научной работы литературу, но также пополняли библиотечные фонды, вели каталог, делали библиотечные обзоры.